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四十四歲時，林全進入政府，從台北市財政局長、行政院主計長到財政部長，他最鮮明的特色就是「守財」，控制預算、嚴防赤字，延續他的小政府立場。即使面對陳水扁開出擴大老人年金的總統選舉支票，他當年的回應也很精明，他說，政策面他會尊重行政院的決定，但就預算面，「能否執行，要看找不找得到財源。」
面對林全兩手一攤，當時民進黨上下奔走設法，後來想到從公益彩券原本要撥給國民年金（當時尚未成立）的盈餘，先分配給老人年金用，這才兌現了選舉政見。
卸下官職走入民間
向中間靠攏，看不同價值
但十年官場經歷下來，林全的立場也不是鐵板一塊。政治實務上要處理不同群體的利害分配問題，遠比單純的經濟學教科書複雜。從他恢復民間身分後所發表的言論，可見其主張由右派漸往中間靠攏。
例如，林全曾在媒體專欄批評馬政府的自由經濟示範區，「台灣經濟的發展困境，在於競爭力不足，而非市場自由度不夠。」但他又指出，「沒有競爭力的產業可能只是缺乏市場價值，卻具有社會價值，例如農業或傳統文化產業。這些產業不應該，也不容許被淘汰。」相較他早年質疑農業保護和補貼造成全民負擔，立場已有調整。
民進黨智庫的財經學者中，林全仍較偏向小政府主張。像蔡英文三月上旬產業之旅所提出，新政府研擬成立「類主權基金」，以帶頭投資創新產業，智庫人士指出，其實早先內部討論時，林全是較為質疑的，因為政府不易管控被投資公司。但團隊中有人躍躍欲試，他不忍潑太多冷水，同意在數百億元規模的範圍內「先試試看」，與團隊其他成員提出的數千億元規模差一大截。