蔡英文於5月20日宣誓就任中華民國第14任總統，並發表就職演說。
她特別強調，「年輕人處於低薪的處境，他們的人生，動彈不得，對於未來，充滿無奈與茫然。」並表示，若不友善的結構沒有改變，再多個人菁英也不足以讓整體年輕人處境變好。蔡英文說：「雖然我沒有辦法立刻幫所有的年輕人加薪，但是我願意承諾，新政府會立刻展開行動。」
面對台灣種種困境，蔡英文提出五大改革重點：
重點一：經濟結構轉型
積極參與區域經濟合作和自由貿易談判
「創新、就業、分配」是蔡英文提出未來經濟發展核心價值。第一個重點，就是積極參與如TPP（跨太平洋夥伴協定）、RCEP（區域全面經濟夥伴關係協定）等經濟合作和自由貿易談判。
第二個重點，是推動「新南向政策」，擺脫過去依賴單一市場的現象。蔡英文在演說中雖然未提，但明顯是指過去八年國民黨執政時期，經濟政策過於「傾中」造成的後遺症。
第三個重點，則是推動「五大創新研發計畫」。在就任前，蔡英文已經分別拜會過不同產業界，並提出綠能科技、亞洲矽谷、生技醫藥、國防產業和智慧機械等「五大產業創新研發計畫」，表示將從北到南打造五個產業創新生態系，希望能提高企業利潤，創造工作機會，進一步提高勞工的薪資和待遇。
最後一點，蔡英文強調將會對各種汙染嚴格把關，新政府將嚴肅看待氣候變遷、國土保育和災害防治的議題。但是蔡英文在演說中並未直接提到「廢核與否」，關於台灣爭論不休的能源問題，她僅說了「對能源的選擇，我們會以永續的觀念去逐步調整。」這句話。
重點二：強化社會安全網
召開「年金改革國是會議」，一年內提出可行的改革方案
蔡英文開頭就提到，近期台灣連續發生隨機殺人事件，但「一個政府不能永遠在震驚，它必須要有同理心。」新政府將重點放在「治安」和「反毒」兩個項目，強調會用嚴肅的態度和行動去面對。
拖累台灣財政的「年金」問題，蔡英文在演說中提到，由副總統陳建仁擔任召集人的「年金改革委員會」，已經在籌備當中，並且會召開「年金改革國是會議」，於一年之內提出可行的改革方案！
在長照議題部分，蔡英文表示，「照顧老人的工作不能完全讓它變成自由市場」新政府將主導和規劃，鼓勵「社區主義」，透過社會集體互助的力量，建立一個體系。重點是讓老年人可以在自己熟悉的社區安享老年。
重點三：推動轉型正義
三年內完成台灣轉型正義調查報告書
蔡英文特別指出，將在總統府成立「真相與和解委員會」，從真相的調查與整理出發，三年之內完成台灣自己的轉型正義調查報告書。
在原住民議題方面，她則表示，「我們不敢忘記，這個島上先來後到的順序。」新政府將致力重建原民史觀、逐步推動自治、復育語言文化、提升生活照顧。
蔡英文也特別提到「司法改革」，會在「今年十月召開司法國是會議」，讓社會一起推動，她強調「司法必須回應人民的需求，不再只是法律人的司法，而是全民的司法。司法改革也不只是司法人的家務事，而是全民參與的改革。」
重點四：區域的和平穩定發展及兩岸關係
未提「九二共識」，強調兩岸應擱置爭議並展開良性對話
兩岸關係是蔡英文就職演說中，最被中外關注的重點。蔡英文在演說中並未提「九二共識」，僅表示1992年，海基會和海協會進行協商，達成若干的共同認知與諒解，「我尊重這個歷史事實」
蔡英文不提「九二共識」，但她指出，在92年之後，雙方持續交流協商累積的現狀和成果，兩岸都應珍惜維護。新政府會依據中華民國憲法、兩岸人民關係條例及其他相關法律，處理兩岸事務。蔡英文強調會根據這4個基礎，和對岸展開良性對話：
1、1992年兩岸兩會會談的歷史事實與求同存異的共同認知
2、中華民國現行憲政體制
3、兩岸過去20多年來協商和交流互動的成果
4、台灣民主原則及普遍民意
重點五：外交與全球議題
重視全球暖化，將在行政院設立能源和減碳辦公室
在外交議題上，蔡英文表示將持續透過官方互動、企業投資與民間合作的方式，分享台灣經驗，與友邦建立永續的夥伴關係。
而在防制全球暖化、氣候變遷的議題上，蔡英文也指出行政院將設立專責的「能源和減碳辦公室」，並根據COP21巴黎協議的規定，定期檢討溫室氣體的減量目標。
此外，新政府也會參與全球性的新興議題，包括人道救援、醫療援助、疾病的防治與研究、反恐合作，以及共同打擊跨國犯罪。
末了，蔡英文提到，從1996年台灣第一次總統直選，到今天剛好20年。台灣的民主進程因各種對立激發出選舉時的動員能量，但也因為這些對立，讓「我們的民主逐漸失去了解決問題的能力
她認為，「以前的民主是選舉的輸贏，現在的民主則是關於人民的幸福；以前的民主是兩個價值觀的對決，現在的民主則是不同價值觀的對話。」希望新政府能打造團結的民主、有效率的民主和務實的民主，並且承諾，「我會讓大家看見這個國家的改變。」