5月20日晚上，台北市政府在晚間突然要求遠雄停工大巨蛋，理由是遠雄有81處主要構造與建照圖說不符，所以依建築法第58條規定勒令停工。
如果大巨蛋真的有那麼多地方與建照圖說不符，在法律上，市府這個停工的要求站得住腳。而同一份公文上也說到，巨蛋施工造成古蹟毀損、捷運隧道產生裂縫等違反環評承諾事項，不僅持續惡化且「對建物基礎大底完成日其說法反覆，且承諾本府事項未能達成」，所以才會依法要求遠雄停工，但以大巨蛋所採取的工法，停工恐怕會造成古蹟與捷運隧道面臨更危險的處境。
比較常見的蓋房子方式，一開工就直接挖到最深的地下室，把地基都蓋好以後，房子才會往上繼續施做，但大巨蛋採取的是「逆打工法」，一開始先完成一樓的結構體，然後同時往上往下進行下一層結構體施做。換句話說，大巨蛋最底層的基礎（就是新聞中提到的大底），會在工程接近完工時才會完成，也因為大底還沒完成，所以整個建築物的重量無法透過大底來分攤，此時地面沈陷的量當然也會比大底完成後來的大，而這正是大巨蛋附近古蹟及下方捷運產生裂縫的最主要原因。
如今市政府在大巨蛋的大底完成前，就要求遠雄停工並提出改進方案，姑且不論遠雄5月15日寄出的改善方案有沒有包含上述問題的改善措施，以及是否符合市政府的要求，但這個停工的時機點無疑將延後建物大底完成的時間，讓地層沈陷量加劇，對於附近古蹟及捷運隧道裂縫反而是個大傷害，萬一在停工階段，真的發生地表塌陷、古蹟毀損甚至捷運出了重大意外，市府還能將所有責任都歸到遠雄身上嗎？或者，市政府在這段停工期間，有沒有降低大巨蛋地層沈陷的「替代保護方案」？
再次重申，停工不是不可以，況且停工係因遠雄未依建築執照施做，但執行的時機點是否真的適當？4月22日臺北市政府捷運局也說，若貿然讓遠雄停工，恐怕捷運板南線會有崩塌的疑慮，試問這樣的疑慮現在已經排除了嗎？為何當時可以接受，現在卻又不能忍受？大巨蛋的確走到一個非常尷尬的階段，目前可能也看不到可以完全沒有副作用的方案；但真的有必要拿台北市流量最大的捷運線安全來對賭嗎？這樣的機會成本是不是太過巨大了些？